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ArOBIS Centro Nacional Patagónico

OBIS

OBIS

Ocean Biogeographic Information System

OBIS, Ocean Biogeographic Information System, es un portal que da acceso libre y abierto a millones de datos de biodiversidad e información biogeográfica de los océanos, adoptado como proyecto bajo el programa International Oceanographic Data and Information (IODE) de Intergovernmental Oceanographic Commission (IOC) de UNESCO.

ArOBIS

ArOBIS Centro Nacional Patagónico

Node argentino de OBIS

ArOBIS reúne datasets (conjuntos de datos) de ocurrencia de especies marinas identificables en un lugar y tiempo específicos, recolectados principalmente en el Mar Argentino y el Océano Atlántico Sudoccidental. Es uno de los más de 20 nodos regionales del Ocean Biogeographic Information System, OBIS.
ArOBIS tiene por finalidad establecer relaciones con los proveedores de datos dentro del área geográfica y taxonómica de competencia, fomentando el intercambio y el uso compartido de datos. Es responsable de todos los aspectos de los datos, desde obtener el permiso para dar acceso a los datos hasta garantizar un cierto nivel de calidad de los datos, y de asegurar el acceso online a los usuarios y a OBIS para la cosecha de metadatos y datos para que estén disponibles para la comunidad.

CONICET

CENPAT

CCT CONICET-CENPAT

ArOBIS está establecido en el CCT CONICET-Centro Nacional Patagónico (CENPAT), institución comprometida a colaborar en forma continua con OBIS, dentro del ámbito nacional y regional, incluyendo el servicio de los datos online y promoviendo el crecimiento de la comunidad de proveedores y usuarios de los datos. El servidor regional se hospeda en el Servicio Centralizado de Computación del CENPAT, Centro Científico Tecnológico del Consejo Nacional de investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) dependiente del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva de la Argentina.

Acceso a los datos

Los recursos de ArOBIS están disponibles en

http://arobis.cenpat-conicet.gob.ar:8081/

El portal OBIS tiene dos herramientas de búsqueda:

OBIS Mapper: http://iobis.org/mapper
Explore OBIS:  http://iobis.org

Contribuir a OBIS a través de ArOBIS

El interés de ArOBIS se concentra en observaciones de ocurrencia de especies marinas identificables (animales, plantas, microbios, etc.) en un lugar y tiempo específicos. La cobertura especial es las costas y aguas del Mar Argentino y del Océano Atlántico Sudoccidental, preferentemente, aunque abarca otras áreas marinas. Los datos deben estar georreferenciados en coordenadas de latitud y longitud decimales. La calidad taxonómica es de suma importancia, por lo que se sugiere que la identificación sea hecha por biólogos o profesionales calificados. También son de valor otras medidas o las metodologías asociadas a la ocurrencia (el largo de aleta, el peso, el tipo de red utilizada para el muestreo, temperatura, salinidad, etc.). 

Si usted posee datos o tiene el derecho a compartir datos con OBIS, y quiere hacerlo a través de ArOBIS, póngase en contacto con el administrador del nodo. Se le abrirá una cuenta en el nodo ArOBIS, se le proporcionará un usuario y contraseña y las herramientas para poder crear sus propios recursos.

OBIS utiliza los siguientes estándares internacionales para datos de biodiversidad:

Darwin Core

Es un conjunto de estándares para la informática de la biodiversidad. Proporciona términos y vocabularios diseñados para permitir el intercambio de datos de biodiversidad.

Dedique unos minutos a la lectura del manual de OBIS, para conocer los términos disponibles y cuáles son de importancia para OBIS al momento de preparar los datos con los que quiere contribuir. Ahí encontrará un template que le ayudará a dar la estructura correcta a sus archivos de datos. 

Ecological Metadata Language (eml)

Es un estándar para la especificación de metadatos, el conjunto de términos con el que documentará sus datos. Se recomienda ampliar este tema en el manual de OBIS

Darwin Core Archive (DwC-A)

Es un estándar para la publicación de datos de biodiversidad basados en Darwin Core. Sigue un esquema “estrella” para la disposición lógica de los archivos de datos, en donde hay solo un archivo de datos que es el core (núcleo) y, opcionalmente, una o más extensiones que son archivos con datos adicionales. Una línea en el core apunta a varias líneas en la extensión. El DwC-A se completa con un archivo de metadatos y otro con los términos asociados a su core y extensiones.

Algunos esquemas posibles para sus datos se muestran en las siguientes figuras.

Para más información consulte el manual de OBIS y los siguientes links:

Core

Occurrence

Measurements or Facts

Extended Measurement or Facts

Publicar datos en ArOBIS

ArOBIS cuenta con una instalación de IPT, GBIF Integrated Publishing Toolkit, una aplicación web gratuita y de código abierto, desarrollada por Global Biodiversity Information Facility, que facilita publicar y compartir datos de biodiversidad. OBIS únicamente cosechas metadatos y datos desde el IPT del nodo. 

En los puntos siguientes se da una breve guía para crear un recurso, subir adecuadamente los datos y completar los metadatos en el IPT de AROBIS. En todo momento puede solicitar ayuda al administrador de datos del nodo o utilizar el manual de OBIS o el manual del IPT de GBIF.



Crear su recurso en el IPT

Acceda a la página del IPT de ArOBIS: http://arobis.cenpat-conicet.gob.ar:8081. La interfaz aparece en inglés pero se puede cambiar el idioma seleccionando de la lista desplegable en el tope derecho de la página. Entonces:

• Inicie una sesión ingresando el usuario y la contraseña que se le proporcionaron (CONTRIBUIR) en los campos al tope de la pantalla y haciendo clic en el botón “Login”

• Seleccione la solapa “Manage Resources”. Ahí aparece la lista de sus recursos; la primera vez estará vacía.

• Busque hacia abajo en la página “Create New Resource” e ingrese en “Shortname” un texto que identificará en forma única su recurso en el IPT y que se usará en la URL para acceder al recurso vía Internet. Puede tener hasta 100 caracteres alfanuméricos, guiones y guiones bajos. Se recomienda iniciar el nombre con un acrónimo de la institución o proyecto proveedora, y una indicación de la taxonomía, geografía y tiempo, por ejemplo: CENPAT_aves_GN_2014.

• En “Type” seleccione el tipo adecuado a su conjunto de datos.

• Haga clic en el botón “Create”

El recurso ha sido creado y ahora completará los datos del recurso. 

Puede ampliar su lectura en el manual del IPT bajo Create a New Resource .

Subir los datos (Source data)

El IPT puede importar sus datos desde dos tipos de formatos de archivo:

• Una base de datos como MySQL o PostgreSQL, en cuyo caso, haciendo clic en “Connect to dabase”, deberá completar lo relativo a la conexión a la base de datos.

• Un archivo de texto con campos separado por algún delimitador; por ejemplo, usted usó el template propuesto y lo guardó en un archivo en formato txt o csv. En este caso, hará clic en “Examinar” para llegar a los datos y dar la configuración que se ajuste a su tipo de datos fuente.

Por favor, lea las instrucciones completas en el manual del IPT bajo Resource OverviewUna vez que los datos se han subido, puede ver cómo el IPT los ha interpretado haciendo clic en "Preview" y verificar si está todo correcto; haga clic en cualquier lugar de la pantalla para salir de la vista previa. Luego haga clic en “Save”.

Puede subir uno o más archivos, dependiendo del esquema adecuado para sus datos (core [+extension]).

Mapeo de sus datos a Darwin Core (Darwin Core Mappings)

El mapeo es el procedimiento que vincula de los campos de su archivo de datos con los términos apropiados de Darwin Core. Se habilita una vez que los datos han sido subidos al IPT.

Se debe mapear en primer lugar el archivo que corresponde al core, y luego las extensiones. Siga las instrucciones del manual del IPT bajo Darwin Core Mapping.

Metadatos

En esta sección del IPT se ingresan los datos que describen su recurso y que servirán para identificar, cosechar, comprender, valorar y dar crédito a sus datos. Por lo tanto, el tiempo dedicado a completarlos minuciosamente se verá compensado.

El archivo EML que se genera puede servirle de partida para un Data Paper.

Siga las instrucciones en el manual de OBIS bajo EML para completarlos.

Publicar la versión y hacerla visible

Una vez conforme con su recurso, publicará una versión haciendo clic en Publish. El IPT generará el Darwin Core Archive. El recurso no está visible aún al resto del mundo sino que está publicado en forma privada. En este momento informará al administrador de datos del nodo sobre su acción, de manera que pueda hacer los controles de calidad necesarios.

Finalmente, lo que falta es hacer el recurso público, haciendo clic en "Public". Ahora el recurso aparecerá en la lista de recursos disponibles en el IPT de ArOBIS y queda accesible a OBIS para su cosecha.

Amplié la lectura en el manual de OBIS  y del IPT.

Compartir y utilizar datos

Fuente: OBIS-Data Policy

Acuerdo para compartir datos 

Los proveedores de datos retienen todos los derechos y responsabilidades asociadas con los datos que ponen a disposición de OBIS a través de los nodos del OBIS. Los nodos del OBIS garantizan que se han hecho los acuerdos necesarios con los proveedores de datos para que los datos estén disponibles en OBIS bajo las siguientes licencias Creative Commons, en orden de prefrencias:

1. CC-0 

2. CC-BY

3. CC-BY-NC

Los proveedores de datos son responsables de completar en forma exhaustiva los datos y metadatos; cuando estos se ponen a disposición de OBIS, se concede permiso a OBIS para:

• Distribuir los datos a través de su portal de información.

• Construir una base de datos integrada, utilizar los datos con fines de control de calidad de los datos, complementar los datos con otros datos y construir productos de información de valor añadido y servicios para la ciencia y la toma de decisiones

• Servir los datos a otras redes de acceso abierto similares, tales como GBIF.

En la búsqueda del cumplimiento de copyright, OBIS se empeña para obtener el permiso de los titulares de los derechos para la captación de sus dataset. En el caso de que la inclusión de un dataset de OBIS es cuestionada sobre la base de una infracción de copyright, OBIS sigue una política de “take-down” (retirar del portal) hasta que haya resolución.

Acuerdo de uso de datos

Los datos en OBIS son de libre acceso para todo el mundo, siguiendo los principios de acceso y beneficio compartidos equitativos. Se espera que los usuarios de datos den el reconocimiento a los proveedores de datos. La utilización de los datos de OBIS que debería ocurrir sobre bases de uso justo, absteniéndose a redistribuir en línea de la base de datos de OBIS, respetando a los proveedores de datos y proporcionando información útil sobre la calidad de los datos.

Cómo citar los datos obtenidos en OBIS

El siguiente formato se debe usar para citar datos recuperados de OBIS:

[cita que aparece en el metadato] [proveedor de datos] [dataset] (Available: Ocean Biogeographic Information System. Intergovernmental Oceanographic Commission of UNESCO. www.iobis.org. Accessed: AAAA-MM-DD). 

Por ejemplo:

Bigatti G (2015): Marine Invertebrate from Argentina, Uruguay and Chile. v1.4. ArOBIS Centro Nacional Patagónico. Dataset/Occurrence. http://arobis.cenpat-conicet.gob.ar:8081/resource?r=arobis-marineinvertebrate&v=1.4. (Available: Ocean Biogeographic Information System. Intergovernmental Oceanographic Commission of UNESCO. www.iobis.org. Accessed: 2016-09-06).